海洋環境問題委員会では、海洋環境に関わる諸問題について科学的・客観的な検証を行ない、研究者（専門家集団）としての立場から問題に対する検討を行なっています。特に重要と思われる問題については、個別の専門委員会を設置して情報の収集と精査を行ない問題に対する提言を公開し広く社会に貢献することを目指しています。 現在設置されている専門委員会には「有明海問題検討専門委員会」「東京湾環境専門委員会」があります。
2003年3月、海洋環境問題委員会ナイトミーティングにおいて、佐々木委員よりこれまでの問題整理と今後の展望についての紹介があり、活発な議論がなされました。 要旨はこちら
羽田空港拡張事業に関する資料（東京湾を取り巻く空港情勢，特に羽田空港再拡張事業）：PDF
2003年3月、海洋環境問題委員会ナイトミーティングにおいて、野村委員より計画の進行状況の紹介がなされ、現計画におけるアセスメントのずさんさが指摘されました。 要旨はこちら
2005年7月28日、環境影響評価方法書に対する見解を国土交通省関係組織に提出の上、環境省記者クラブにおいて会見を実施。見解は「海の研究」第14巻第5号に掲載された。 見解の中身等に関してはこちら
2005年10月、「東京国際空港再拡張事業に係わる環境影響評価準備書」に対する意見書を，日本海洋学会海洋環境問題委員会の意見を集約し，海洋環境問題委員会委員長名で国交省に提出しました。 意見書はこちら
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